Entigen Corporation und SANBI geben Zusammenarbeit zur Bereitstellung umfassender Datensätze zur Genexpression bekannt

Sunnyvale, Kalifornien und Belville, Südafrika (ots-PRNewswire) - Die Entigen Corporation, ein Anbieter von Lösungen zur Informations-und Anwendungsintegration für die Biowissenschaften, und das South African National Bioinformatics Institute (SANBI) verbinden ihre Ressourcen, um die Datenbank CLUSTERALL zusammenzustellen und zu vertreiben. Bei CLUSTERALL handelt es sich um eine Sammlung dynamischer Datensätze, die beschreiben, welche Gene bei Menschen und anderen Organismen unter verschiedenen Bedingungen an- und abgeschaltet werden. Durch CLUSTERALL werden Wissenschaftler in der Lage sein, Genexpressionsprofile in Geweben verschiedener Organismen in unterschiedlichen Entwicklungsstadien und Umgebungssituationen zu identifizieren und zu charakterisieren. CLUSTERALL wird den Bedarf der Genforscher einer Reihe umfassender, nicht-redundanter und zugänglicher Gendatenbanken decken, welche die Entdeckung neuer Gene, Identifizierung von Targets für Arzneimittelwirkstoffe und Untersuchungen zur Entwicklungs- und Alternativgenexpression ermöglicht und beschleunigt.

Die CLUSTERALL Datensätze werden online über den BioNavigator Bioinformatics Workspace von Entigen zugänglich sein und werden durch eine vernünftige Organisationsstruktur und zweckmäßigen Anmerkungen über Gene erweitert. Für die Wissenschaftler wird der Zugang zu CLUSTERALL über den BioNavigator die Zeit raubende, kostspielige und im Hinblick auf die Rechnerausnutzung ineffiziente Praxis des individuellen Aufbaus projektspezifischer Gendatenbanken ersetzen.

"CLUSTERALL ist eine Sammlung von mRNA, expressed sequence tags (EST; exprimierten Sequenzmarkern), theoretisch angenommenen Gensequenzen und Computeralgorithmen, die irrelevante Daten maskieren und Gensequenzen zusammenstellen und verlinken," sagte der Direktor von SANBI, Winston Hide, PhD. "Das Ergebnis ist eine kommentierte Gendatenbank, die zehnmal kleiner ist als die kombinierten Datenquellen, aus denen sie abgeleitet wurde nach selektiver Entfernung der Ungenauigkeiten, Wiederholungen und nicht-genetischen Sequenzdaten. Mit dieser verdichteten Datenbank können die Wissenschaftler viel strengere Algorithmen zur Genanalyse nutzen, neue Genvarianten leichter lokalisieren und somit schneller arbeiten.

Durch die Partnerschaft mit Entigen stehen für das CLUSTERALL Projekt funktionelle Kommentierungswerkzeuge von Weltklasse, intellektuelle und rechnerische Bioinformatik-Ressourcen und erwiesene Erfahrung bei der Produktentwicklung und -bereitstellung zur Verfügung, " fügte Dr. Hide hinzu.

Tim Littlejohn, PhD, Gründer und Chefwissenschaftler von Entigen, sagte, "Mit dem BioNavigator stellt Entigen einzelnen Wissenschaftlern mit normalem Budget Bioinformatik-Ressourcen zur Verfügung, die es sonst nur bei den weltweit führenden Genomforschungseinrichtungen gibt. Diese Wissenschaftler haben normalerweise keinen routinemäßigen Zugang zu neuesten Datenquellen, hoch entwickelten Software-Lizenzen und zu einer Rechnerleistung, die erforderlich ist, um viele Millionen von Sequenzen in eine nützliche und zugängliche Gendatenbank zu kondensieren. Unsere Zusammenarbeit mit SANBI beim CLUSTERALL Projekt ermöglicht diesen Wissenschaftlern über den BioNavigator Bioinformatics Workspace den weltweiten Zugang zu aktuellen Gendatenbanken bezüglich einer Vielzahl von Organismen zu sehr vernünftigen Kosten." Sowohl Entigen als auch SANBI gehören dem European Molecular Biology network (EMBnet) an. Im letzten November gab die Entigen Corporation (zuvor eBioinformatics, Inc.) ihre Aufnahme in die Organisation bekannt und bekundete ihre Absicht, mit anderen Mitgliedern von EMBnet an Entwicklungsprojekten im Bereich der Bioinformatik zusammen zu arbeiten.

Die CLUSTERALL Partnerschaft mit SANBI ist das erste der geplanten EMBnet-Gemeinschaftsprojekte

Die Entigen Corporation ist ein Privatunternehmen. Sie wurde im April 1998 unter dem Namen eBioinformatics gegründet und gilt als Anbieter von Internet-basierten, nutzungsabhängigen Zugangsmöglichkeiten zu Bioinformatik- und biotech-bezogenen E-Commerce-Quellen für Biowissenschaftler in pharmazeutischen, biotechnischen, landwirtschaftlichen, staatlichen und Universitätslabors.

Außer dem erfolgreichen, BioNavigator genannten Internet-basierten Bioinformatik-Workspace (www.BioNavigator.com) bietet Entigen ihre Daten- und Anwendungstechnologieplattform (genannt ADAAPT) an, die es Biowissenschaftlern und deren Instituten ermöglichen soll, Datenquellen, Anwendungen, Mining Tools und Bildgebungsmethoden zu organisieren und in ein einziges Rahmensystem zu integrieren, ohne dass eines ihrer bereits vorliegenden Systeme verdrängt werden muss. Die Zentrale von Entigen liegt in Sunnyvale, Kalifornien. Mehr Informationen über Entigen, ihre Integrationsprodukte und/oder den BioNavigator Bioinformatics Workspace, gibt es im Internet unter www.BioNavigator.com .

SANBI ist das South African National Bioinformatics Institute, das sich mit der Analyse von Genomen beschäftigt, die für die südafrikanische Gesundheitsforschung und Biotechnologie von Bedeutung sind.

SANBI möchte der südafrikanischen Forschungsgemeinschaft Genominformation, computergestützte Biologie und Analysewerkzeuge anbieten.

ots Originaltext: Entigen Corporation
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Mehr Informationen über SANBI gibt es im Internet unter www.sanbi.ac.za, bei James Nelson, PhD, bei der Entigen Corporation, +1 408-542-5500, oder per Fax, +1 408-734-3770; oder bei Winston Hide, PhD bei SANBI, +27-21-959-3645

Website: http://www.sanbi.ac.za
Website: http://www.ebioinformatics.com

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